1.车辆办理过户时，本年度车船税已缴纳，是否可申请退税？

答：根据《中华人民共和国车船税法实施条例》（中华人民共和国国务院令第611号）第二十条的规定，已缴纳车船税的车船在同一纳税年度内办理转让过户的，不另纳税，也不退税。

2.黄先生今年年初购置的车辆因故被盗，能否申请退回已缴纳的车船税？

答：根据《中华人民共和国车船税法实施条例》（中华人民共和国国务院令第611号 ）第十九条的规定：“在一个纳税年度内，已完税的车船被盗抢、报废、灭失的，纳税人可以凭有关管理机关出具的证明和完税凭证，向纳税所在地的主管税务机关申请退还自被盗抢、报废、灭失月份起至该纳税年度终了期间的税款。”

因此，纳税人被盗的车辆可以凭有关管理机关出具的证明和已缴车船税的完税凭证，向纳税所在地的主管税务机关申请退还自被盗月份起至本纳税年度终了期间的税款。